陕西省农业与环境微生物重点实验室于2018年1月正式批准成立，2021年6月通过陕西省科技厅组织的建设验收。实验室英文名“Shaanxi Key Laboratory of Agricultural and Environmental Microorganism”。
重点室是依托西北农林科技大学生命科学学院建设的科研实体。实行人、财、物相对独立的管理体制和“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。韦革宏教授任重点室主任，沈锡辉任重点室副主任；重大事项由学术委员会决策，日常事务由室务委员会讨论通过，重点实验室主任负责组织实施。
实验室现有固定人员39人，其中正高职称21人，副高职称18人，以中青年学术骨干为主体，包括教育部特聘教授1人，国家“863计划”项目首席专家1人，国家杰出青年基金获得者2人，国家级人才2人，国家优秀青年基金获得者1人，国家“千人计划”青年人才1人，国务院政府特殊津贴3人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”2人，香江学者1人，陕西省杰出青年基金获得者1人，多数人员具有博士学位和国外留学经历，汇集了微生物学、植物学、土壤学、环境科学、生物信息学等相关学科领域的科教人员。已形成了以国家级人才领衔，中青年骨干为主体的一支结构合理、学历层次高、技术力量雄厚的学术队伍。
实验室在陕西省等上级主管部门和学校的支持下，不断加强平台和基础条件建设。目前实验室面积2200 m2，包括科研温室、人工气候室和办公室等，具有完善的水电暖等设施，实验室现有仪器超高分辨液质联用仪、真空冷冻干燥机、多功能酶标仪、荧光定量PCR仪、超高效液相色谱仪、数字切片扫描系统、超高分辨率激光共聚焦显微镜、全自动定氮仪、流动分析仪、总有机碳分析仪、高性能生物信息服务器系统、植物光照培养箱共计418台（套），总价值2261万元，实验室所有大型仪器设备均加入学校大型仪器设备共享系统，实现开放共享，为学校农业科学、生物科学、环境科学领域的发展提供技术支撑和保障。
陕西省农业与环境微生物重点实验室立足我国旱区农业发展和粮食安全，以农业与环境微生物资源的挖掘和利用为主攻方向，以微生物-植物-环境互作体系为主要研究对象，开展微生物与植物营养健康、微生物与农业废弃物资源化利用、微生物与农业面源污染生物修复、微生物功能基因与基因组学四个研究方向的基础和应用研究，并进一步通过代谢工程、基因组改组、合成生物学等生命科学前沿技术手段开发新菌种、新技术和新工艺，力争将本实验室建设成为适度规模、具有国际先进水平的集农业与环境微生物学研究、人才培养、高技术产业发展为一体的基地及开放研究平台，在相关领域的研究达到国际先进水平。
实验室建设以来，主要围绕制约西北旱区农业生产和生态环境可持续发展的重大科学问题和关键技术，从基础研究到应用研究，重点开展农业微生物与环境及作物互作逆境适应机制、微生物群落调控与土壤肥力提升等关键技术的开拓性研究，主持国家及省部级项目50多项，包括国家重点研发项目课题6项，青年科学家项目1项，国家科技支撑计划1项，国家自然科学基金重点、面上、青年项目17项等，总合同经费3850万元；获陕西科学技术一等奖2项、陕西高等学校科学技术研究优秀成果特等奖1项；在PNAS、Nature Communications、The ISME Journal、Microbiome、PLoS Pathogens、Environmental Science & Technology、Global Change Biology、Plant Physiology、Plant Cell and Environment、Bioresource Technology、Journal of Hazardous Materials等国际知名杂志上发表论文150余篇，获批国家专利20余件。为促进农业可持续发展、保障区域和国家粮食安全提供了有效的理论支撑和技术支持。